Podpunkt 2.3 otrzymał nowe brzmienie: jeżeli prowadzący instalacje są zobowiązani do przeprowadzenia audytu energetycznego lub utrzymywania certyfikowanego systemu zarządzania energią i nie wdrożą zaleceń, Aplinkos apsaugos agentūra (Agencja Ochrony Środowiska; AAA) podejmuje decyzję o zmniejszeniu o 20% liczby ATL (uprawnień do emisji) przydzielanych nieodpłatnie, z zastrzeżeniem wyjątku określonego w pkt 29.

Wprowadzono nowy podpunkt 2.3¹: niektórzy prowadzący instalacje ŠESD (emisji gazów cieplarnianych), którzy wykonują działania wymienione w załączniku 1 do ustawy i podlegają wymaganiom emisyjnym określonym w art. 6 ust. 5 ustawy, sporządzają plany neutralności klimatycznej i przekazują je AAA do zatwierdzenia w terminie określonym w art. 4 ust. 1 rozporządzenia (UE) 2019/331.

Uzupełniono podpunkt 3.2.7: dotyczy on nieuzasadnionego opóźnienia w przekazywaniu informacji Europos Komisija (Komisji Europejskiej; EK), przy czym wprowadzono termin zobowiązujący do przekazania informacji EK na podstawie art. 6b rozporządzenia (UE) 2019/1842 niezwłocznie, lecz nie później niż w ciągu 5 dni roboczych od zakończenia oceny sprawozdania dotyczącego poziomu działalności.

Punkt 4 Opisu procedury otrzymał nowe brzmienie i zasadniczo aktualizuje główne odniesienia do prawa UE: monitoring i sprawozdawczość (2018/2066 zmienione rozporządzeniem 2023/2122), zasady nieodpłatnego przydziału ATL (2019/331 zmienione rozporządzeniem 2024/873), dostosowania poziomu działalności (2019/1842 zmienione rozporządzeniem 2025/772), zasady dotyczące różnic cen paliw lotniczych i przydziału ATL (rozporządzenie delegowane 2025/723) oraz inne.

Dodano punkty 49¹–49³, ustanawiające całkowicie nowy proces:

• operatorzy statków powietrznych mogą złożyć do AAA wniosek o przydział ATL w związku z wykorzystaniem kwalifikujących się paliw lotniczych;
• AAA oblicza liczbę ATL podlegających przydziałowi zgodnie z rozporządzeniem delegowanym (UE) 2025/723;
• co roku, do birželio 15 d., AAA przekazuje EK informacje o każdym operatorze statku powietrznego, który złożył wniosek.

Punkt 50 zmieniono w taki sposób, że AAA co roku oblicza rekompensatę za loty do państw objętych odpowiednimi rozporządzeniami wykonawczymi EK, a także za loty między Szwajcarią lub JK (Zjednoczonym Królestwem) a państwami uznanymi za wdrażające CORSIA, oraz informuje operatorów statków powietrznych do lapkričio 30 d..

Ustalono, że wymóg umorzenia ATL nie ma zastosowania do ilości ŠESD, która spełnia wymagania rozporządzenia (UE) 2018/2066 i jest wychwytywana oraz wykorzystywana w taki sposób, że pozostaje trwale związana chemicznie w produkcie i nie przedostaje się do atmosfery. Kryteria stosowania tej decyzji określono poprzez odniesienie do rozporządzenia delegowanego (UE) 2024/2620.

• Punkt 82: wyraźniej powiązano korekty nieodpłatnego przydziału ATL z rozporządzeniem (UE) 2019/331 (art. 23–26) oraz rozporządzeniem (UE) 2019/1842 (art. 5–6a).
• Punkt 85: AAA może polecić Aplinkos projektų valdymo agentūra (Agencji Zarządzania Projektami Środowiskowymi; APVA) wstrzymanie nieodpłatnego przydziału ATL zgodnie z art. 3 ust. 3 rozporządzenia (UE) 2019/1842.
• Punkt 90: wprowadzono jasną procedurę, zgodnie z którą AAA ocenia informacje, a jeżeli mają one wpływ na ich ilość, informuje APVA w ciągu 5 dni roboczych i przekazuje informacje EK niezwłocznie, lecz nie później niż w ciągu 5 dni roboczych; w tym samym terminie podaje również informacje do wiadomości publicznej.
• Punkty 91 i 92 uchylono.

Dodano nowy rozdział ustanawiający procedurę, zgodnie z którą:

• prowadzący instalację może wystąpić do AAA o przywrócenie zmniejszonej liczby ATL, jeżeli zmniejszenia dokonano na podstawie pkt 22a, zgodnie z art. 3a rozporządzenia 2019/1842;
• należy przedstawić dowody potwierdzające spełnienie warunków określonych w art. 3a;
• AAA przekazuje EK wniosek o przywrócenie, a przywrócenie jest powiązane z decyzją EK w sprawie korekty;
• analogiczną procedurę określono dla pkt 22b, poprzez art. 3c, a AAA podejmuje decyzję, jeżeli warunki zostały spełnione.